有机螯合态微肥是用一种合成或天然的有机螯合剂与微量元素离子螯合而成的一类肥料，如EDTA-Zn、腐植酸铁、尿素铁和含微量元素的木质素磺酸螯合物等，施入土壤后不易被土壤固定，提高了微肥的有效性，也可用于喷施，植物能吸收整个分子的螯合物，并将微量元素离子用于物质的代谢，其效果常较无机态微肥好，但螯合态微肥生产成本高。
微量元素肥料由于用量少，施用不便，可将一种或多种微量元素在常量元素肥料或复合肥料制造过程中加入，或机械混合，制成复混态微肥，既能施用均匀，同时能满足作物对常量和微量元素的需要，还有些微肥新品种，如包衣微肥、叶面肥、激素微肥等。
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